ความเป็นมาของการจัดตั้งมูลนิธิฯ
มูลนิธิการศึกษาและเผยแผ่พระพุทธศาสนาภูมิภาคลุ่มแม่น้ำโขง จัดตั้งขึ้นเนื่องมาจาก โครงการศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาประเทศเพื่อนบ้าน มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตเชียงใหม่ จัดให้มีการถวายหนังสือบาลีไทเขิน และถวายผ้าป่าสมทบทุนบูรณะพระเจดีย์ ณ เมืองเชียงตุง ประเทศเมียนม่าร์ เมื่อวันที่ 14 – 17 พฤศจิกายน 2547
ในการนี้พระราชวิมลเมธี รองอธิการบดี และคณะสงฆ์เชียงตุง โดยมีสมเด็จอาชญาธรรมเจ้า มหาสังฆปรินายก เขมจารี เป็นประธาน ได้ประชุมปรึกษาหารือกันเกี่ยวกับการส่งเสริมการศึกษา และเผยแผ่พระพุทธศาสนาของพระสงฆ์ทั้งสองฝ่าย จนได้ข้อสรุปร่วมกันให้มีการก่อตั้งมูลนิธิการศึกษาและเผยแผ่พระพุทธศาสนาภูมิภาคลุ่มแม่น้ำโขงขึ้น เพื่อส่งเสริมสนับสนุนการศึกษาและเผยแผ่พระพุทธศาสนา ในประเทศภูมิภาคลุ่มแม่น้ำโขง
ดอกบัว สื่อถึง พระพุทธศาสนา และความดีงาม
หยดน้ำ สื่อถึง ลุ่มแม่น้ำโขง ประชาชนทุกหมู่เหล่า
การรวมตัวและซ้อนทับกัน สื่อถึง การเผยแผ่ การรวมพลัง
เกลียวคลื่น สื่อถึง กระแสน้ำ พลัง และศรัทธาร่วม